Je ne suis pas certain mais je tente une explication:
La défiance vis à vis du vaccin est peut être provoquée par la rapidité de sa mise sur le marché et par sa technologie toute nouvelle qui n'a jamais été employée si j'ai bien compris ce que l'on m'a dit .
C'est vrai que de passer d'une dizaine d'années habituelles pour construire un vaccin à quelques mois ça peut poser question sur certaines impasses qui auraient été faites.
De plus s'il semble certain qu'il n'y a pas d'effets secondaires à court terme est-ce qu'il en sera de même dans un an ou deux ?
D'un autre coté des scandales tel que le Mediator pèse probablement négativement sur la confiance que les gens peuvent apporter à l'institution sanitaire.
Personnellement dès que ce sera mon tour j'irai me faire vacciner sans plus me poser de questions, mais je cherche à comprendre pourquoi certaines personnes ne veulent pas le faire sans obligatoirement en conclure que ce sont des attardés chroniques. 
La crainte des effets secondaires revient souvent en effet, on peut rajouter par exemple la légende tenace et encore véhiculée par fb du vaccin contre l'hépatite B qui provoquerait des SEP, je le disais plus haut le vaccin contre la grippe qui serait inefficace "puisque la seule fois où je me suis fait vacciner j'ai été malade" (et là tu te sens obligé de croire sur parole ton interlocuteur en adoptant un air grave et compatissant)...
Par ailleurs, il ne faut pas négliger le travail de sape des "anti-système" (Raoult, "Hold-up", F.Philippot qui a son rond de serviette sur les plateaux de CNews, etc etc...) sur le thème inépuisable du complot et de l'industrie pharma qui va s'en mettre les pleins les poches grâce aux vaccins (ce qui semble par ailleurs être une réalité quand on voit le prix moyen d'une dose qui ne s'échange pas à moins de dix euros).
Comme explication il faut aussi parler de ceux, assez nombreux, qui se croient plus forts que les autres, à l'image de celui qui va prendre le volant en étant fatigué ou alcoolisé mais quand même persuadé que sa vision et ses réflexes ne sont pas altérés.